アドヴァイタは強力な統合軸ですが、万能ではありません。少なくとも五つの限界があります。

1. 出発点となる典拠が固有です。 シャンカラは、非二元を独立した理性だけで証明するのでなく、ウパニシャッドを知識の手段として読みます。その権威を認めない人には、同じ結論が必然とは限りません。
2. 他宗教の自己理解と衝突します。 創造者と被造物の永遠の差異、無我、空、個別魂の永続などは、アドヴァイタの最終結論へ回収できません。
3. 苦しみの具体性を説明し尽くしません。 病気、貧困、差別、暴力には、医療、経済、歴史、法律、政治からの説明と対応が必要です。無明の一語へ還元してはいけません。
4. 組織の健全性を保証しません。 非二元を説く組織でも、権力集中と搾取は起こり得ます。
5. 形而上学的な真理は、この記事だけでは証明できません。 純粋意識がブラフマンと同一であるという命題は、比較表から論理的に決まるものではありません。

さらに、シャンカラ自身の解釈や、後代アドヴァイタとの関係にも研究上の論争があります。世界がどう現れるのか、イーシュヴァラとブラフマンをどう区別するのか、解脱知をどう記述するのかには、単純な一枚図では収まらない問題が残ります。

したがって、アドヴァイタによってすべてを説明できるわけではありません。ここでできるのは、アドヴァイタを中心に置くことで、多くの概念を無理に同一視せず、何が究極的実在についての話で、何が人格神、個別存在、宗教体験、組織運用についての話なのかを分けて見ることです。